いろいろなブログで書かれていることですが、
MovableType 3.3とBIGPAPIプラグインの相性は最悪です。
ではその実態はどういったものなのか？
内部ではどういった動作をしているのか？
いろいろ調べた結果、下記の記事を見つけました。

> BIGPAPI／Transformer両対応プラグインの作成
> Transformerプラグインの作成方法

この記事によると、MovableType 3.3はBIGPAPIおよびBIGPAPI対応プラグインを
インストールすることができ、動作もするそうです。
これに関しては自分も実際インストールして使ってみて確認しています。

ただし、BIGPAPIとTransformerは、いずれもテンプレートを
読み込む処理を一部書き換えるものなので、共存することができません。
つまり、BIGPAPIをインストールしてオンにすると、
Transformerにしか対応していないプラグインが動作しなくなります。

今後はTransformer対応プラグインが増えていくと思いますが、現在
ネットで公開されているプラグインはまだBIGPAPI対応プラグインの方が多いです。

そこで、管理画面を書き換えるプラグインを新規に作る際には、
当面はTransformerとBIGPAPIの両対応にしておく方がいいかと思います。